A terceira fase será disputada por 12 clubes, que serão divididos em três grupos de quatro. Eles se enfrentarão em turno e returno, se classificando à quarta fase os dois primeiros e os dois melhores terceiros colocados.
Confira abaixo os grupos da 3.ª fase da Segundona:

Grupo 13
Capivariano (1.º Grupo 7)
Jacareí (1.º Grupo 10)
PC São José (2.º Grupo 9)
CAV (2.º Grupo 12)


Grupo 14
Barretos (1.º Grupo 8)
Fernandópolis (1.º Grupo 11)
Porto Feliz (2.º Grupo 10)
Guaçuano (2.º Grupo 7)


Grupo 15
Independente (1.º Grupo 9)
Portuguesa Santista (1.º Grupo 12)
Olímpia (2.º Grupo 11)
Ecus (2.º Grupo 8)

Confira os resultados da 6.ª rodada:

Domingo
Bandeirante 0 x 5 Capivariano
Guariba 1 x 5 Guaçuano
Barretos 1 x 0 Ecus
Palmeirinha 3 x 0 Cotia
Independente 5 x 0 Guarujá
Sumaré 0 x 2 PC São José
Jacareí 3 x 1 EC São Bernardo
Porto Feliz 1 x 0 Tupã
São Vicente 0 x 0 Fernandópolis
Guarulhos 0 x 2 Olímpia
Portuguesa Santista 1 x 1 Brasilis
CAV 3 x 1 Olé Brasil